Nas Eleições 2016, realizadas no dia 2 de outubro, os eleitores de São Francisco de Assis do Piauí, escolheram o candidato Josimar Oliveira (PP) para gerir a cidade nos próximos quatro anos. Ele obteve 1402 votos, sendo 38,25% dos votos válidos. Em segundo lugar, ficou o candidato Eliésio (PT) com 1308 votos, sendo 35,69%. E, em terceiro lugar, o atual prefeito, Genivaldo Irineu (PMDB) com 955 votos, sendo 26,06% dos votos.
Foram contabilizados 23 votos brancos e 181 votos nulos.
Fonte: 180